针对此事，昨日，阿里巴巴方面回应称，公司将会与台湾方面的官员就6个月内退出市场的要求进行协商。
阿里巴巴女发言人表示，早在2008年，在台湾相关部门批准大陆企业直接对台进行投资之前，公司的批发交易平台Alibaba.com便已成立了台湾分部。
公司旗下Alibaba.com新加坡公司注册于开曼群岛，是阿里巴巴控股集团旗下Alibaba.com Ltd.有限公司的下属分公司。该发言人表示，“我们依照法律行事，并遵守台湾的相关法律规定。”她补充道，阿里巴巴将与台湾当局进行合作，“理清问题，并且，如有必要，将会采取适当措施来保护Alibaba.com的正当利益。”
阿里巴巴集团表示，公司去年9月份在纽交所挂牌上市后，台湾方面便将阿里巴巴集团视为大陆企业。
据台湾《联合报》报道，台经济部投资审议委员会曾表示，先前一直没有获得有效证据证明Alibaba.com与中国母公司有直接联系，直到阿里巴巴集团提交IPO文件，披露公司企业架构具体细节信息。《联合报》表示，一位台方官员表示，根据阿里巴巴集团所披露的文件，Alibaba.com台湾分部确实隶属于阿里巴巴集团。
不过，对于阿里巴巴来说，台经济部投资审议委员会的裁定对其似乎并不会造成较大的影响，毕竟其核心业务仍在中国大陆。2012年，来自全球240多个国家和地区的3600万人成为了Alibaba.com的注册用户，其中有14万用户来自台湾。
阿里巴巴设创业投资基金资助港台初创企业此外，还是在周一，阿里巴巴表示，公司将投资100亿新台币(约合3.16亿美元)，为那些想要通过阿里巴巴旗下在线平台创立并发展业务的台企提供支持。
2月初，阿里巴巴便披露，计划拿出10亿港币(约合1.29亿美元)投资香港初创企业，并通过阿里巴巴平台帮助这些企业家建立自己的业务。早在去年12月，阿里巴巴集团董事长马云就在台北某论坛上表示，有意为台湾移动商务初创企业提供支持。
他表示，台湾的年轻人勤劳并富有创造力，他希望，类似的资助能够为这些初创项目助以一臂之力。相较而言，香港和台湾的企业家更加了解本地市场客户的需求和品位。