食菇菌搞到食物中毒时有所闻，不可食用菇菌就算经过烹煮一样含有毒性，轻则引致急性食物中毒，严重更会对生命构成威胁，所以拣菇菌时一定要打醒十二分精神。
由于菇菌表面会有泥泞，很多人在煮食前都会浸洗乾净，不过现於尖沙咀弥敦道某间米芝莲推介中菜食府担任主厨的邓浩宏师傅则表示，菇类吸水力强，所以一浸水就会变得又湿又软，破坏口感之余也会影响其香味。想知清洁菇菌的方法，就要留心看看师傅的示范。
步骤1：削外皮
无论是哪种菇菌，煮食前应先将薄薄的一层外皮削走，直至见到乳白色的内层为止。
步骤2：修形状
部分品种需要修饰外形，以黑皮鸡枞菌为例，把底部削尖方便食用；至於老人头则先批走底部，再撕走外衣。
步骤3：擦菇身
用牙刷轻轻擦走表面的污垢，再用湿布轻抹乾净。